407-SpaceBar：单细胞分辨率下的空间克隆追踪技术

这项研究介绍了一种名为 SpaceBar 的新技术，该技术通过将组合式条形码标签与空间转录组学相结合，实现了在组织中同时追踪细胞克隆谱系与基因表达模式。研究人员设计了一套由 96 种合成序列组成的文库，使标准成像技术能够以单细胞分辨率区分细胞的遗传祖先及其空间位置。通过对黑素瘤模型的分析，该方法揭示了肿瘤内的基因表达主要受空间环境驱动，但某些特定基因也表现出显著的克隆遗传性。这种方法克服了以往技术在空间分辨率和条形码检测方面的局限，为研究癌症、发育及再生过程中细胞内在因素与外部环境的相互作用提供了有力工具。该成果发表于 2025 年的《自然-方法》杂志，展示了其在复杂组织背景下精确区分克隆动力学与环境调控的能力。

References:

• Kinsler G, Fagan C, Li H, et al. SpaceBar enables single-cell-resolution clone tracing with imaging-based spatial transcriptomics[J]. Nature Methods, 2025: 1-6.