654-mFISH3D：AI驱动的全器官多重空间转录组制图

这项研究介绍了一项名为 mFISH3D 的创新技术，旨在实现对完整器官（如小鼠全脑）内多种信使核糖核酸（mRNA）的高通量、三维空间成像。通过深入分析化学反应过程，研究团队优化了样本脱脂、探针渗透及信号放大等关键环节，使其能够以单细胞分辨率在小规模或大体积组织（包括人类大脑样本）中精准标记分子。为了处理海量成像数据，作者同步开发了名为 ZenCell 的人工智能平台。该平台利用自监督预训练和视觉互感器（ViT）架构，大幅降低了人工标注成本，实现了大规模细胞的自动化分割与制图。通过结合这两项技术，研究者成功揭示了特定药物干扰下神经元的激活规律，为研究疾病中的细胞脆弱性提供了强有力的空间转录组学工具。

References:

• Murakami T C, Xia M, Maeda Y, et al. Artificial Intelligence-driven Whole-brain Cell Mapping with Highly Multiplexed In Situ Hybridization[J]. bioRxiv, 2025: 2025.08. 18.670857.