726-ChatSpatial：跨平台空间转录组学大模型协同编排系统

本文介绍了 ChatSpatial，这是一个基于大语言模型（LLM）的空间转录组学分析平台，旨在解决生物信息学工具零散且跨平台兼容性差的问题。该系统利用模型上下文协议（MCP），将 Python 和 R 生态系统中的 60 多种分析方法整合进统一的对话式工作流中。与传统的随机代码生成不同，它采用模式强制编排技术，通过预定义的工具模式引导模型进行参数推断，从而确保分析结果的高重现性。研究人员通过复现卵巢癌和口腔癌的已发表研究，证明了该平台在肿瘤微环境识别、细胞通讯分析及多样本整合方面的卓越能力。总之，ChatSpatial 实现了以科学目标为导向的交互方式，降低了复杂生物计算的技术门槛。

References:

• Yang C, Zhang X, Chen J. ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics[J]. bioRxiv, 2026: 2026.02. 26.708361.