该文章是对空间转录组学 (ST) 技术的全面综述,这种新兴技术能够量化完整组织切片中转录组的 RNA。文章首先介绍了生物分子测量中传统“组学”工具与靶向定位工具之间的历史性权衡,并指出 ST 技术正在颠覆这一局限,它特别适用于阐明细胞类型组成、细胞间相互作用以及分子间交流等生物学问题。文章随后详细描述了 ST 的两大主要类别:依赖于下一代测序的测序型 ST (sST) 和依赖于荧光显微镜的成像型 ST (iST),并概述了它们各自的工作流程、关键质量控制参数和技术挑战。最后,作者们展望了“情境基因组学”的未来发展,包括将 ST 方法应用于其他分子模式、提高空间分辨率以及观察细胞动态等领域,并强调了制定标准化组织样本和质量控制指标对加速技术进步的重要性。
References:
- Tian L, Chen F, Macosko E Z. The expanding vistas of spatial transcriptomics[J]. Nature Biotechnology, 2023, 41(6): 773-782.
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