203-EpiAgent: 首个单细胞表观基因组基础模型

该研究介绍了 EpiAgent，这是首个专为单细胞表观基因组数据（scATAC-seq）设计的基础模型，旨在克服现有方法在可推广性和大规模数据利用方面的局限性。EpiAgent 采用了一种新颖的细胞语句建模方法，通过对大约五百万个细胞进行预训练，捕捉细胞异质性和调节网络。该模型在各种下游任务中表现优越，包括 无监督特征提取、监督细胞注释和数据填补，并且能够准确预测细胞对外部刺激和基因扰动的反应。此外，EpiAgent 还促进了参考数据整合和查询数据映射，并开发了 EpiAgent-B 和 EpiAgent-NT 模型，以实现零样本细胞类型注释，在癌症等疾病研究中具有潜在应用价值。

References:

• Chen, Xiaoyang, et al. "EpiAgent: foundation model for single-cell epigenomics." Nature Methods (2025): 1-12.