251-CellNEST: 基于空间转录组的细胞通讯网络

这篇文章介绍了 CellNEST，这是一个用于空间转录组学数据中细胞间通信（CCC）检测的新计算模型。 CellNEST 利用图注意力网络（GAT）和深度图信息最大化（DGI）的对比学习方法，克服了现有方法高假阳性率和无法识别复杂中继网络的局限性。该模型能够以单细胞或单点分辨率识别配体-受体相互作用，并成功应用于人类淋巴结和多种癌症（如肺腺癌、结直肠癌和胰腺导管腺癌），揭示了与疾病进展相关的通信模式。除了模型本身，研究人员还提供了名为 CellNEST-Interactive 的网络可视化工具来探索这些空间解析的通信结果。

References:

• Zohora F T, Paliwal D, Flores-Figueroa E, et al. CellNEST reveals cell–cell relay networks using attention mechanisms on spatial transcriptomics[J]. Nature Methods, 2025: 1-15.