290-Perturb-Seq: 单细胞基因筛选与转录组分析

这篇文章介绍了一种名为 Perturb-seq 的创新技术，它将 CRISPR 基因扰动与可扩展的单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 读数组合在一起。这一方法极大地提高了大规模分析复杂转录表型的效率，使其能够同时评估数千种基因编辑的影响。为了精确解析数据，研究人员设计了 MIMOSCA 计算框架，该框架利用线性模型估算单细胞内扰动对基因表达、细胞状态以及 遗传相互作用 的精确影响。在对免疫细胞（BMDCs）进行测试时，Perturb-seq 成功描绘了调节脂多糖 (LPS) 反应的 转录因子模块 和基因程序。此外，该技术还应用于 K562 细胞，揭示了调节细胞周期和适应性的转录变化，证明了其对于非必需基因研究的普遍适用性。总体而言，Perturb-seq 提供了一个稳健且可扩展的平台，用于连接基因型与高分辨率分子表型的因果研究。

References:

• Dixit A, Parnas O, Li B, et al. Perturb-Seq: dissecting molecular circuits with scalable single-cell RNA profiling of pooled genetic screens[J]. cell, 2016, 167(7): 1853-1866. e17.