293-Deep-STARmap和Deep-RIBOmap：厚组织3D空间组学测序

这篇文章介绍了一种强大的新型成像平台Deep-STARmap和Deep-RIBOmap，旨在对厚组织块中的基因转录和翻译活性进行可扩展的三维空间测序。这些平台通过在厚度达 200 µm 的完整组织中实现可靠分析，克服了传统方法仅限于分析薄组织切片的局限性。核心技术创新包括可扩展的探针合成策略和稳健的水凝胶交联方法，确保了多次成像循环中信号的完整性。研究人员成功应用Deep-STARmap在小鼠大脑中绘制了 1,000 多个基因的图谱，并将其与 Tetbow 多色标记结合，同时描绘了单个神经元的精细形态。此外，该 3D 方法还被用于分析人类皮肤鳞状细胞癌 (cSCC) 样本，提供了比 2D 分析更精确的肿瘤与免疫细胞空间邻近关系测量，这对病理学研究至关重要。这些技术提供了一个将分子数据与高分辨率细胞成像相结合的稳健框架，有望提高对组织功能和病理学机制的理解。

References:

• Sui X, Lo J A, Luo S, et al. Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks[J]. Nature Methods, 2025: 1-11.